ตำบลคลองใหญ่ อำเภอคลองใหญ่ แต่เดิมขึ้นอยู่ในเขตการปกครองของจังหวัดปัจจันคีรีเขต (จังหวัดเกาะกง) ประเทศสาธารณรัฐกัมพูชาและตกไปอยู่ภายใต้การปกครองของประเทศฝรั่งเศส และต่อมาได้มีการทำสนธิสัญญากันระหว่างประเทศไทยกับประเทศฝรั่งเศส ตำบลคลองใหญ่จึงกลับมาเป็นของไทยอีกครั้ง ตำบลคลองใหญ่เป็นตำบลที่จัดตั้งครั้งแรกก่อนที่จะมีตำบลอื่น ๆ ตามมา ในเขตการปกครองของอำเภอคลองใหญ่ ซึ่งแต่เดิมนั้น มีลำคลองขนาดใหญ่ไหลผ่านจึงเรียกกันว่า คลองใหญ่ มาจนปัจจุบัน